El Santuario de Fátima viene promoviendo regularmente, a lo largo de los años, un conjunto de iniciativas de carácter eminentemente reflexivo, en el ámbito de una lectura teológico-pastoral consistente, actualizada e interdisciplinar del acontecimiento de Fátima. En este elenco de actividades se integran varios Congresos y Simposios -organizados en colaboración con la Facultad de Teología de la Universidad Católica Portuguesa-, Encuentros y Jornadas, cuyas temáticas atraviesan de diferentes maneras los núcleos del mensaje de Fátima, leyéndolos a la luz del mensaje evangélico al cual se unen íntimamente y de los retos de la contemporaneidad a los cuales se proponen como desafío, horizonte semantico y foco de reflexión para creyentes y no creyentes.
La dimensión formativa constituye una de las preocupaciones centrales del Santuario de Fátima, asumiendo un lugar relevante en las propuestas que presenta a sus peregrinos. Los cursos que han sido dinamizados -bien dirigidos a todos los peregrinos y demas personas interesados en ellos, o bien más dirigidos a grupos de áreas específicas de acción y de la sabiduría- revelan una singular búsqueda por reproponer el sentido y la vivencia del mensaje y de la espiritualidad de Fátima, profundizar reflexivamente los contenidos nucleares de la fe cristiana, particularmente los que Fátima recuerda, y convocar para una vivencia creyente de compromiso y testimonio efectivos.
Partiendo de los contenidos fijados en el Itinerario Temático para el septenario conmemorativo del Centenario de las Apariciones de Fátima, especialistas de diferentes áreas han reflexionado acerca de la actualidad del mensaje de Fátima. Estos Ciclos de Conferencias propuestos por el Santuario de Fátima transmiten un importante esfuerzo de reflexión de la fe que ha asumido como una de sus preocupaciones pastorales.